东京召开首脑会议,地点是东京湾的新设施「Edge of Ocean」。
这是一座,会议举办的5月1日当天,将动用2万2千人警方人员的超巨大设施。
然而不料某天,竟发生了突如其来的大规模爆炸事件!
其中,出现了可以掌控全国公安警察的警察厅秘密组织 ——通称「ZERO」组织的成员安室透的身影。
为何不在会议当天,而选择在会议之前引爆呢?
以及安室背地里诡异的行为,让柯南感到事情蹊跷不已。
这时,现场证物上留下的指纹,竟然与过去所属警视厅的毛利小五郎的指纹相吻合!
其中到底有什么阴谋?围绕逮捕小五郎,柯南和安室展开了交战。
安室透这个谜一般的存在,究竟是敌是友?
「极秘任务」的倒计时,此时已经无声无息地开始了——。